Niveau 0
Udstillingsrum: Husets tidligere kælder er gravet dybere, hvilket har givet et stort hvidmalet lokale med søjler og kvadratiske fliser på gulvet. 

Arkiv: Isensteinsamlingen med over 7000 værker af den dansk-tyske billedkunstner og kunstformidler Harald Isenstein (1898-1980). 

Anretterkøkken: Service, køleskab og opvaskemaskine kan bruges ved lån af lokaler.

Niveau 1
Vestibule: Udsmykket af Marius Hammann (1879-1936), der tog afgang fra Kunstakademiet i 1901. På en frise kan man bl.a. orientere sig om Kongegaardens ejere fra 1761 og frem til 1901.

Udstillingsrum: Husets stueetage rummer fem sammenhængende rum af forskellig størrelse og indretning. De bærer alle præg af historien og er fredede.

Kunstnerbolig: Til billed- og lydkunstnere, der installerer udstilling eller blot ønsker et kort, intensivt ophold. 
Herudover: Personalekontorer, køkken, reception og terrasse med adgang til haven.

Niveau 2
Koncertsalen: Lokalets lettere skrå vægge, blotlagte tømmerkonstruktioner og brede egetræsplanker skaber en god akustik. Til koncerter kan der indrettes siddepladser til 100 gæster, og det er muligt at bruge salens Steinway & sons koncertflygel. Salen bliver også brugt til performances, foredrag og udstillinger.

Kongeværelset: Til receptioner, møder og særlige udstillinger. Loftet er udsmykket af Marius Hammann og der er enkelte, indrammede motiver på væggene.

Kunstnerbolig: Lejlighed på 67 kvm til kunstnere, der ønsker et længere arbejdsophold med plads til fordybelse og produktion.

Derudover råder Kongegaarden aktuelt over et 275 kvm. tidligere industrirum i det ikoniske glasværk i Korsør. Lokalet skal både fungere som udstillingshal for eksperimenterende nutidskunst og som atelier for kunstnere, som vi tildeler et artist-in-residence ophold.