Siden indvielsen af Kongegaarden i 1992 er det Kongegaardsfondens bestyrelse, der har ansvaret for den centrale styring af huset. I fondsbestyrelsen sidder repræsentanter fra musikken og kunstens verden foruden en repræsentant fra Kulturudvalget i Slagelse Kommune samt en formand, der er valgt af den siddende bestyrelse. Fondsbestyrelsen ansætter en daglig kunstfaglig og administrativ leder.

Det er Kongegaardsfondens formål at drive Kongegaarden som et professionelt udstillings- og koncertsted med to residenceboliger til kunstnere og musikere samt at pleje og formidle Isensteinsamlingen.

Fondsbestyrelsen afholder ca. fire årlige møder, hvor man i tæt samarbejde med husets leder lægger de overordnede planer for året samt varetager mere formelle og udviklingsstrategiske opgaver.

Bestyrelsesmedlemmer pr. august 2020:
Christen Obel, formand
Elisabeth Zeuthen Schneider, musiker udpeget af Musikkonservatoriernes Fællesråd
Benny Forsberg, billedkunstner udpeget af Akademirådet.
Jane Kjølbye, udpeget af Slagelse Kommune

Fondssekretær er leder i Kongegaarden, kunsthistoriker Henrik Broch-Lips